益生菌有一些副作用。
尚未真正研究過副作用因此很難說在使用益生菌時某些副作用是否比其他副作用更普遍。據報導，服用益生菌時副作用很少見。使用益生菌時，腹部不適是最常見的副作用之一。人們有時會報告服用益生菌後感到腹脹。當消化過程中產生過量氣體時，就會產生腹脹。感到極度飽滿是腹脹的跡象。
使用者使用益生菌時，腹部疼痛是另一種副作用。
人們在使用補充劑後是否遇到任何腹部不適，需要去看醫生。使用益生菌不僅不僅腹部疼痛和腹脹，而且還報導了頭痛。使用益生菌後出現頭痛的人應降低劑量。有人說，一旦身體習慣了服用益生菌，他們的頭痛就會消失。如果他們的頭痛隨著時間的推移沒有好轉或頭痛變得很嚴重，則應聯繫醫生。
關於益生菌的一些報導說，少數人不應該服用這種補品
因為它們可能更容易椎間盤突出，主要是真菌椎間盤突出。有時由於免疫系統受損，椎間盤突出可能會更頻繁地發生。腸道椎間盤突出是服用益生菌後可能發生的其他類型的椎間盤突出。服用補充劑後出現椎間盤突出症狀的任何人都應致電醫生。益生菌補品在許多不同的地方出售。許多益生菌補充劑都以丸劑形式出現，但有時補充劑也以液體形式出現，但丸劑形式是益生菌進入的最常見形式。粉劑形式也是一種很流行的形式。只需將粉劑攪拌成粉狀即可。喝水，然後再飲用。